Po dogodkih iz prvega filma, v katerem so borci Earthrealma ustavili načrte čarovnika Shanga Tsunga, se boj za obstoj šele zares začenja.
Svet je le za trenutek varen – toda sile Outworlda ne počivajo. Cole Young, zdaj bolj izkušen in povezan z lastno usodo, se skupaj z Liu Kangom, Sonjo Blade, Kanojem in drugimi znanimi borci odpravi na misijo: zbrati preostale bojevnike Earthrealma, preden se začne pravi Mortal Kombat turnir. Medtem emperor Shao Kahn, vladar Outworlda, s pomočjo zvestih podložnikov – Kitane, Barake, Rain-a, Sindel in skrivnostnega Quan Chija – pripravlja ofenzivo, ki naj bi enkrat za vselej uničila Earthrealm. V vrtincu epskih bojev, izdaj, notranjih dvomov in usodnih odločitev bo vsak borec moral izbrati svojo pot. Bo zmagal red ali kaos? Prijateljstvo ali pohlep? In kdo bo naslednji zmagovalec turnirja Mortal Kombat?
